Myndigheter, forskere og forskningsinstitusjoner bruker teknologi og innovasjon for å takle covid-19.
Åpen kildekode-verktøy er utviklet, og noen fortsetter å bli testet for å støtte innsatsen som har blitt utplassert for å minimere utfallet av dette dødelige viruset.
En rekke åpen kildekode-verktøy er allerede på plass, som hjelper forskere å lære om sykdommen, identifisere spredningen, forhindre spredningen og minimere ytterligere spredning og dødsfall. En rekke prosjekter er tilgjengelig på Utdanningsøkosystem som skisserer hvordan du bruker forskjellige verktøy.
Denne artikkelen ser på noen av verktøyene og bibliotekene med åpen kildekode som brukes i overvåking, forebygging og inneslutning, diagnostisering og behandling av COVID-19.
Innholdsfortegnelse
COVID-19-sporingskart
I januar lanserte JHUs Center for Systems Science and Engineering en COVID-19 globalt sporingskart som raskt ble en internasjonalt pålitelig kilde til dataene fra den utviklende pandemien i sanntid.
Kartet er åpen kildekode og har blitt brukt til å drive forskning og visualiseringsinnsats av topp medieorganisasjoner, små organisasjoner og lokale myndigheter.
DXY-COVID-19-Crawler
DXY-COVID-19-Crawler er et av de tidligste åpen kildekode-prosjektene utviklet for å svare på COVID-19 i januar.
Utviklerne brukte data fra DXY.cn, et nettsted som ble brukt av kinesiske leger for å rapportere og spore tilfeller. De utviklet en webcrawler som samlet inn data fra nettstedet og gjorde det tilgjengelig gjennom et API og et datavarehus. Koden er tilgjengelig på Github.
Åpne Data Kit
Open Data Kit (ODK) er ikke et nytt verktøy. Det har blitt brukt før under ebola-utbruddene i Vest-Afrika i 2004 og det nyere utbruddet i Den demokratiske republikken Kongo i 2019.
Det hjelper hovedsakelig brukere med å samle inn, administrere og bruke data i kontaktsporing, strategisk kartlegging, beslutningsstøtte, samfunnssensibilisering og saksbehandling.
ODK-fellesskapet har videreutviklet bruken sin som svar på COVID-19 ved å gjøre et rapporteringsskjema tilgjengelig i sine distribusjoner. Skjemaet er utformet i henhold til Verdens helseorganisasjons protokoll for etterforskning av saker og kontaktoppsporing og undersøkelser.
Hovedutviklerne tilbyr også gratis støtte for enhver organisasjon som har implementert ODK som svar på COVID-19.
Nextstrain
Nextstrain sporer utviklingen av patogener. Det har tidligere blitt brukt til å beregne familiehistorien til en sykdom, og dermed muliggjøre forutsigelse av sykdomsprogresjonen.
Det har blitt brukt i tidligere epidemier, som ebola. Gjennom genetiske data fra Global Initiative on Sharing All Influenza Data (Gisaid), blir Nextxtrain brukt til å takle COVID-19.
DHIS2
Du vet sikkert allerede DHIS2. Det er verdens største helseinformasjonsstyringssystem. Den brukes i mer enn 70 land. Som en del av responsen på COVID-19 har DHIS2 gitt ut en digital datapakke som akselererer infeksjonsdeteksjon, rapportering, overvåking og behandling av sykdommen.
Den digitale DHIS2-datapakken bruker standard metadata som er på linje med WHOs protokoll om COVID-19-tilfelledefinisjon og overvåking for å muliggjøre rask distribusjon og respons.
Pikobar West Java
Indonesias informasjons- og koordineringssenter for sykdommer og katastrofer er et krisesenter som er dannet for å dempe og reagere på COVID-19 i Vest-Java-provinsen i Indonesia.
Jabar Digital Service har, som en del av responsen, utviklet en åpen kildekode nettverktøy og app som lar brukere få tilgang til de nyeste COVID-19-dataene.
ÅpneMRS
OpenMRS er et pasientbehandlingssystem som brukes i mange utviklingsland over hele verden. På grunn av fleksibiliteten til OpenMRS systemkan land som har fått anstrengt helseressursene sine bruke det til overvåking, screening og behandling av COVID-19.
Systemet kan hjelpe dem å utvide sin kapasitet ved å gi dem tilgang til vitenskapelig basert informasjon om håndtering av krisen.
ÅpneLMIS
De OpenLMIS-prosjektet bruker en fellesskapsfokusert taktikk for å utvikle et åpen kildekode og et justerbart logistikkstyringsinformasjonssystem. OpenLMIS-systemet søker å forbedre datanøyaktigheten, øke ansvarligheten, forbedre dataens aktualitet og synlighet.
OpenLMIS-systemet søker å forbedre helseforsyningskjeder, beholdningen av medisinske ressurser for å gi et klart bilde av tilgjengelig medisinsk utstyr, inkludert testsett og PPE (personlig verneutstyr). Dette verktøyet kan effektivt brukes for å støtte beslutningstakere i å tildele ressurser som et svar på COVID-19.
Helsesider
De Global Healthsites Mapping Project er et prosjekt som tar sikte på å kartlegge alle helseinstitusjoner i verden og gjøre detaljene ved hvert sykehus lett tilgjengelige. Dataene om helseinstitusjoner er gjort tilgjengelige gjennom et API.
Ved å samarbeide med brukere, fanger og validerer healthsites.io-teamet plasseringen og kontaktdetaljene til hver helseinstitusjon og gjør dataene fritt tilgjengelige og tilgjengelige gjennom en Open Data License.
SORMAS
SORMAS (System for håndtering og analyse av overvåkingsutbrudd) er et mobilt e-helsesystem med åpen kildekode. Den har blitt distribuert for å implementere sykdomskontroll og prosedyrer for utbruddshåndtering.
Den har blitt effektivt distribuert i flere land, inkludert Ghana, Nigeria, Nepal og Fiji, for covid-19-overvåking og tidlig oppdagelse.
SORMAS er et gratis, åpen kildekode-system som følger databeskyttelsesstandarder.
Tokyo COVID-19
I motsetning til mange andre byer og myndigheter Tokyo Metropolitan Government har utviklet et nettsted med åpen kildekode som informerer innbyggerne om COVID-19. Ved å gjøre det åpen kildekode har nettstedet sett bidrag fra over 200 brukere. Tre andre byer, Chiba, Nagano og Fukuoka, har gjenskapt nettstedet.
ÅpneELIS
Hensikten med OpenELIS helsesystem er å forbedre helsevesenet ved å tilby et progressivt, standardbasert styringssystem for laboratorieinformasjon som kan brukes av ulike helsetiltak for å forbedre behandlingsalternativene.
COVID-19-utbruddet har gitt en global utfordring med kontaktsporing og massetesting av mistenkte tilfeller. OpenELIS-systemet kan effektivt brukes for å takle COVID-19 for å lette sporing av laboratorietester og resultater.
De Community Health Toolkit er en samling av åpen kildekode-verktøy samt åpne tilgangsressurser som har som mål å bygge og distribuere digitale verktøy for bruk i samfunnshelsetiltak på områder som er vanskelige å nå.
Community Health Toolkit-utviklerfellesskapet har mobilisert seg for å utvikle verktøy og ressurser som tar sikte på å støtte helsearbeidere i samfunnet til å takle COVID-19.
KLOKKE
De COVID-19 sykehuseffektmodell for epidemier (CHIME) er en åpen kildekode-applikasjon utviklet av dataforskere ved Penn Medicine – University of Pennsylvania. Det er et nettbasert verktøy som lar sykehus forutsi virkningen av viruset på helsevesenet.
Den er utviklet ved å bruke Python og pandas åpen kildekode-avhengighet.
COVID-omsorgskart
De COVID-omsorgskart hjelper med å kartlegge de allerede eksisterende helseressursene og med å forutsi hull i sykehussenger, respiratorer, medisinsk utstyr og bemanning. Alle metodene, databehandlingsverktøyene, visualiseringene og kildekoden er gratis og åpen kildekode.
Covid Care Map-prosjektet søker å forutse og handle for å tilkalle støtte for å effektivt ta vare på det raskt økende antallet covid-19-infeksjoner og de som trenger intensivbehandling.
Locale.ai
Locale.ai har utviklet en åpen kildekode, interaktiv visualisering av alle bekreftede tilfeller av COVID-19 over hele verden. Den spør etter åpen kildekode-datasettet fra John Hopkins University.
Locale.ai utviklet COVID-19-visualiseringsnettsted ved bruk av Vue.js, som er et populært rammeverk som lar utviklere lage moderne nettapper.
COVID-19 over hele verden
Denne appen bruker en kartvisualisering for å overvåke spredningen av COVID-19, de bekreftede tilfellene og utviklingen av sykdommen over hele kloden. Den bruker data fra John Hopkins CSSE.
Corona-sporer
Dette er en skinnende app utviklet av John Coene. Den sporer spredningen av COVID-19 ved bruk av data fra John Hopkins, DXY-data og Weixin. Appen viser antall mistenkte, bekreftede og gjenopprettede tilfeller etter tid og region. Koden er tilgjengelig på Github.
Globale tilfeller av covid-19
Globale tilfeller av covid-19 er en skinnende app utviklet av Christoph Schoenenberger som viser utviklingen av COVID-19 på kart, plott, sammendragstabeller og figurer. Koden er tilgjengelig på Github.
Myndigheter og COVID-19
Dette er en Shiny app utviklet av Sebastian Engel-Wolf. Den kartlegger den eksponentielle veksten av COVID-19, dager til dobling av infeksjoner, bekreftede tilfeller, dødelighet og antall bekreftede tilfeller per 100 000 mennesker i forskjellige regioner. Koden er tilgjengelig på Github.
Innpakning
Åpen kildekode-fellesskapet har reagert raskt og effektivt på COVID-19-pandemien. Mange prosjekter har blitt bygget og fortsetter å bli bygget for å takle spredningen av sykdommen. Denne artikkelen beskriver noen av prosjektene. Det er fortsatt usikkerhet om hvordan sykdommen vil utvikle seg de neste ukene. Flere prosjekter som kan utnytte eksisterende åpen kildekode-teknologier vil finne en plass i kampen mot denne dødelige sykdommen.
Hold deg trygg!
Artikkel av Dr. Michael J. Garbade, administrerende direktør, Education Ecosystem