Er du usikker på hvordan du skal konstruere et kladogram fra bunnen av? Da er det hjelp å hente! Her presenteres noen verktøy som kan forenkle prosessen betydelig.
Som barn lærte vi alle i biologitimene at alle livsformer er i slekt på en eller annen måte. For eksempel stammer mennesket fra aper, og vi er del av den store næringskjeden – og mye mer.
Et kladogram illustrerer slektskap mellom organismer, basert på DNA-sekvenser, fysiske kjennetegn og fenotyper. Det er i bunn og grunn et evolusjonstre som lar oss gruppere organismer etter likheter i funksjon, evolusjonær historie og tilpasninger. Den mest sannsynlige hypotesen bestemmes ved å sammenligne og analysere ulike kladogrammer.
Linjer brukes i kladogrammet for å vise retningen på kladen, og hvordan den er knyttet til andre forfedre eller grupper av organismer. Det er enkelt å følge linjene fra start- til sluttklad, som representerer de hypotetiske forfedrene.
Organismene deles inn etter molekylære og morfologiske nivåer, samt atferdsdata (for dyr). Algoritmer for kladogramgenerering brukes til å optimalisere dataene. Målet er å finne den globale minimumsløsningen, og simulert avkjøling er en foretrukket metode som sikrer en optimal løsning.
Med det sagt, her er en liste over kladogramverktøy du kan velge mellom.
Kreativt
Med Kreativt kladogramverktøy kan du enkelt visualisere relasjoner mellom arter. Det hjelper deg med å identifisere og visualisere fylogenetiske forhold på en effektiv måte. Dette verktøyet lar deg representere forskjellige biologiske arter, og har følgende funksjoner:
- Eksport av PDF, SVG og PNG-bilder for utskrift og deling
- Flere maler for fylogenetiske trær og kladogramdiagrammer
- Enkel visualisering av relasjoner på en arbeidsflate
Kreativt tilbyr omfattende formbiblioteker, inkludert dikotome nøkler, næringsnett, fylogenetiske trær og flere maler for gruppering av organismer. Verktøyet har en dra-og-slipp-funksjon for enkel opprettelse av relasjoner, og avansert tekstformatering og konfigurerbare fargetemaer.
Kreativt gir deg muligheten til å dra og slippe bilder av dyr, og dynamiske koblinger som lar deg utvide, rotere og endre størrelsen på diagrammer. Du kan også lage dynamiske kladogrammer med innebygde Google-bilder, som hjelper deg med å sentralisere forskningsdata. I tillegg har verktøyet en uendelig arbeidsflate, universelt fulltekstsøk, innebygde verktøy og en allsidig tabell.
Det er enkelt å samarbeide med andre ved hjelp av sanntidspekere, kommentarfelt for diskusjoner og videokonferanser.
Insight Maker
Insight Maker er et verktøy som gjør det enkelt å bygge modeller i nettleseren. Du kan raskt lage tilfeldige løkkediagrammer og rike bilder, og simuleringer for ethvert behov. Verktøyet hjelper deg med å simulere populasjonsinteraksjoner og definere agentatferd.
Insight Maker er enkel å bruke:
- Start verktøyet i nettleseren – ingen installasjon eller plugins er nødvendig
- Plasser ideene dine på arbeidsflaten for å lage simuleringsmodeller, rike bilder og innsikt
- Bruk simuleringsalgoritmer for å starte med agentbasert og systemdynamisk modellering
- Samarbeid med teamet og få tilbakemeldinger på designene dine
- Lag modeller gratis og utnytt kreativitetens kraft
I tillegg kan brukerne utforske kladogrammer og se hva andre jobber med. Dette kan bidra til brainstorming og hjelpe til med å finne de beste løsningene.
Guliford
Bruk SimpleClade med Guliford for å gjennomføre en grundig kladistisk analyse. Det tilbyr et grafisk brukergrensesnitt for å designe en enkel arbeidsmetode i paleontologiklasser. Verktøyet er brukervennlig. Bare installer programvaren og begynn å bruke den med en gang.
Lag din CSV-datafil og start å generere klader. Hele prosessen, inkludert de differensierende verdiene, kan læres raskt. Brukere kan merke klader som «UNUSED» hvis de ikke er i bruk, og sette verdien til andre klader.
Start med programoperasjoner, og velg noder for å forklare søket ditt, endre tilkoblinger om nødvendig, beregne sparsomhetsstatistikk, koble til horisontal rotstamme for utgruppen, og se endringer i egenskapstilstand.
IUBio
IUBio er et annet populært verktøy som brukes til å lage kladogrammer, eurogram, swoopogram, curvogram, fenogrammer og trediagrammer. Det er enkelt å bruke. Last opp trefilen din (eller lim inn URL-en), legg til en tittel og send inn detaljene.
Brukere kan også velge flere alternativer i IUBio for å få ønsket resultat, som for eksempel base-URL for etiketter, stil, skrifttype og størrelse. Verktøyet lar deg også velge mellom trevekst og nodeposisjon for et godt utseende.
Nettverktøyet omfatter flere elementer som leddyr, DroSpeGe, eGenes, wFleaBase og mer. Det gir offentlig tilgang til brukere innenfor bioinformatikk og molekylærbiologi. IUBio inkluderer Drosophila-genomet, sekvensanalyse, biosekvenskonverteringer og redigeringsverktøy for alle behov.
Konklusjon
Kladogramverktøy lar deg representere evolusjonære forhold med grener, og antall genetiske endringer for nukleotidsubstitusjoner. Det er også enkelt å representere undergrupper basert på prosentvise endringer i sekvensen.
Når du fokuserer på grenene og nodene (interne og eksterne noder – blader og tips), må trestrukturen vedlikeholdes. Diagrammet inkluderer også en molekylær klokke for å finne den felles stamfaren.
Kom i gang med et kladogramverktøy for å få de resultatene du trenger.